次磷酸的毒性属于在高温的时候会出剧毒，致死量用小白鼠最为实验：
鼠经口LD50：1200 mg/kg；小鼠经口LC50：20 mg/kg；
大鼠腹腔LD：43 mg/kg；小鼠皮下LCLo：83600 ug/kg；
吸入毒性：大鼠：>1210 mg/m3/6H。
次磷酸如果挥发在环境之中，会对人体做成危害，且次磷酸挥发的时候对周围的环境物质以及生物都具有一定的毒性，不过次磷酸不溶于水，但是溶于乙醇，如果水中发现次磷酸需要格外的注意。
关于次磷酸的致癌问题，也是有的，在2017年下半年的时候被国际卫生组织正式确定为三类致癌物质（对人的致癌性尚无法分类，即可疑对人致癌）。